Para hacer transparente a un solido si o si necesitas que sea una entidad. Para convertirlo en entidad tenes que seleccionarlo y apretar "CTRL + T". En la ventana que te aparece elegis la entidad a la que lo queres convertir. En tu caso lo que te conviene usar es la entidad "func_water", y en las opciones de la entidad, en la que se llama "fx ammount" le pones un valor entre 0 y 255 (donde cero es extremadamente transparente, y 255 es extremadamente opaco).
Si tenes alguna otra duda consulta este tutorial de OxiB00st sobre fluidos :
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